สาธารณรัฐคีร์กีซสถานเป็นกรณีพิเศษของประเทศที่รัฐธรรมนูญไม่ได้ประดิษฐานโครงสร้างของรัฐ ดังนั้นชีวิตทางการเมืองของประเทศจึงถูกกำหนดโดยประเพณีซึ่งแม้จะเป็นเยาวชนของสาธารณรัฐในช่วงยี่สิบห้าปีที่ผ่านมา
ประมุข
ประธานาธิบดีคนแรกของคีร์กีซสถานหลังการประกาศเอกราชคือ อัสการ์ อาคาเยฟ ผู้ปกครองประเทศมาเป็นเวลาสิบห้าปี - ตั้งแต่วันที่ 27 ตุลาคม 1990 ถึง 11 เมษายน 2548 เมื่อเขาถูกบังคับให้ลาออกภายใต้แรงกดดันอย่างหนักจากฝ่ายค้าน ซึ่งเป็นผู้นำการประท้วงบนท้องถนนที่เข้ามาในเรื่องราวที่เรียกว่าการปฏิวัติดอกทิวลิป การปฏิวัติ Kyrgyz เป็นหนึ่งในการปฏิวัติสีที่เรียกว่าการปฏิวัติพื้นที่หลังโซเวียตในช่วงกลางปี 2000
ผลของเหตุการณ์เหล่านี้ เคอร์มานเบก บากิเยฟ กลายเป็นประธานาธิบดีคนใหม่ของคีร์กีซสถาน ซึ่งต้องเผชิญกับการพิจารณาคดีครั้งสำคัญ ในปี 2549 เกิดวิกฤตรัฐสภาขึ้นในประเทศ ซึ่งเผยให้เห็นความขัดแย้งระหว่างรัฐสภาและประธานาธิบดี และยังให้การถึงความจำเป็นในการแก้ไขรัฐธรรมนูญ
เมื่อวันที่ 21 ตุลาคม 2550 มีการลงประชามติซึ่งทำให้เกิดปัญหารัฐธรรมนูญฉบับใหม่76.1% ของผู้ลงคะแนนโหวตให้แนะนำกฎหมายพื้นฐานฉบับใหม่ การสนับสนุนอย่างมากดังกล่าวทำให้ประธานาธิบดีคีร์กีซสถานยุบสภาและจัดการเลือกตั้งใหม่ ดังนั้น ระบบการเมืองจึงเป็นรูปเป็นร่างขึ้น โดยที่ประเทศมีระบบรัฐสภาและประธานาธิบดีโดยพฤตินัย
วิกฤตปี 2010
อย่างไรก็ตาม การปฏิรูปหรือการถอดถอนอดีตชนชั้นสูงออกจากอำนาจไม่ได้นำไปสู่การเปลี่ยนแปลงที่สำคัญในชีวิตของผู้คน ประเทศยังคงรักษามาตรฐานการครองชีพที่ต่ำเกินไป มีการทุจริตในระดับค่อนข้างสูง ซึ่งแสดงให้เห็นด้วยการต่อสู้อย่างเปิดเผยระหว่างกลุ่มต่างๆ ทางตอนเหนือและใต้ของสาธารณรัฐ ค่าใช้จ่ายด้านสาธารณูปโภคเพิ่มขึ้นอย่างรวดเร็วในประเทศภายในปี 2010
ปัจจัยทั้งหมดเหล่านี้ก่อให้เกิดการปฏิวัติครั้งที่สองในประเทศในรอบห้าปี ในเดือนมีนาคม การประชุมของกองกำลังฝ่ายค้านได้จัดขึ้นที่บิชเคก ซึ่งได้มีการตัดสินใจเลือกโรซา โอตุนบาเยวา เป็นผู้นำของขบวนการ ซึ่งในเวลานั้นก็มีประสบการณ์มากมายในโครงสร้างของรัฐบาล
หนึ่งเดือนแล้วหลังจากรัฐสภาฝ่ายค้าน เกิดการรัฐประหารขึ้นในประเทศ อันเป็นผลมาจากการที่ฝ่ายค้านเข้ายึดอำนาจในประเทศในมือของตนเอง การเปลี่ยนแปลงนี้ดำเนินการในเวลาที่สั้นที่สุด และมาพร้อมกับการปะทะกันระหว่างชาติพันธุ์ การสังหารหมู่ และการปล้นสะดมจำนวนมาก
ผลที่ตามมาจากการปฏิวัติ
อย่างไรก็ตาม การจลาจลก็หยุดลงในไม่ช้า และโครงสร้างของรัฐหลังการปฏิวัติก็มีการเปลี่ยนแปลงที่สำคัญ วันที่ 27 มิถุนายน 2553 ประเทศผ่านไปการลงประชามติเกี่ยวกับรัฐธรรมนูญใหม่ตามที่คีร์กีซสถานกลายเป็นสาธารณรัฐรัฐสภาโดยพฤตินัย
ตั้งแต่เดือนพฤษภาคม 2010 ถึงธันวาคม 2011 Roza Otunbayeva ดำรงตำแหน่งรักษาการประธานาธิบดีของประเทศ แต่ไม่ใช่ตามผลการเลือกตั้งที่ได้รับความนิยม แต่เป็นไปตามพระราชกฤษฎีกาของรัฐบาลเฉพาะกาล
อย่างไรก็ตาม ตามข้อตกลง เธอออกจากตำแหน่งนี้ตามเวลาที่กำหนดและมีการเลือกตั้งโดยตรงในประเทศ ซึ่งประธานาธิบดี Atambayev ซึ่งหมดวาระการดำรงตำแหน่งในเดือนธันวาคม 2560 กลายเป็นประมุขแห่งรัฐคนใหม่.
เมื่อวันที่ 15 ตุลาคม 2017 มีการเลือกตั้งประธานาธิบดีอีกครั้งในประเทศซึ่งมีผู้สมัครเข้าร่วมสิบเอ็ดคน จากผลการโหวต ซูรอนไบ จีนเบคอฟได้เป็นประธานาธิบดีคนใหม่ของคีร์กีซสถาน